• Contraloría (Titular del Órgano Interno de Control): Lic. Gabriel Márquez Torres
• Gestión de la Calidad: Biol. Ana Luz Núñez Carrasco

-          Administración de proyectos: Ing. María Cristina Ireta Moreno

• Tecnologías de información y Comunicación: Ing. Fritz Roberto Ruiz Szymanski
• Vinculación y Transferencia de Tecnología:

-          Propiedad intelectual: Lic. Carlos Omar Aguilar Navarro

-          Atención a Clientes: Ing. María de Lourdes Gómez Alvarez

Dirección Administrativa: L.C.P. Catalina Meza López

• Sub-Dirección de Finanzas: L.C.P. Citlalli Haidé Alzaga Sánchez
• Sub-Dirección de Recursos Materiales: Lic. Juana Briones Castor
• Sub-Dirección de Recursos Humanos: Lic. Martha Elena Hernández González
• Apoyo Legal

-          Atención Gubernamental: L.C.P. Armando García Tello

Dirección de Investigación: Dr. Ricardo Cosio Ramírez

• Coordinación de Posgrados: M. en C. Fátima Gabriela Ordoñez de la Cruz
• Gestión del Conocimiento: Dr. Javier Rivera Ramírez
• Biblioteca: Lic. Javier Rodriguez Yáñez

Unidad de Biotecnología Médica y farmacéutica: Dr. Héctor  Manuel Zepeda López

Unidad de  Biotecnología Industrial: Dra. Anne Christine Gschaedler Mathis

Unidad de Biotecnología Vegetal: Dr. Benjamín Rodríguez Garay

Unidad de Tecnología de Alimentos: Dr. Jorge Alberto García Fajardo

Unidad de Tecnología Ambiental: Dr. Alberto López López

Unidad de Servicios Analíticos y Metrológicos: Dra. Claudia Alvarado Osuna

Unidad Sureste (Mérida, Yucatán): Dra. Ingrid Mayanin Rodríguez Buenfil